良好水生态系统的特征具有生物的多样性。包括生物基因的多样性、生物栖息地的多样性和生物物种的多样性三方面；水生态系统的结构完整。水生态系统结构指构成生态系统诸要素及其量比关系，各组分在时间、空间上的分布，以及各组分之间的能量、物质、信息的交流途径与传递关系。
只有结构完整的系统才是稳定和健康的生态系统，主要表象为生物的生产者、消费者和分解者齐全，各类生物需要的能量、营养和食物链结构完整。外来物种少。特有和珍稀物种生存良好；水质良好；景观及环境优美，使人宁静、陶醉、舒心，产生灵感和创作激情。
生态系统保护与修复原则由于生态系统的复杂性，到目前为止并没有经典、统一和定量化的水生态系统保护与修复理论，但有几个基本原则：需要按自然规律办事，少干扰，不进一步破坏也许是最佳的修复计划。
水质良好是人类和生物都需要的，是生态修复的基本内容；保护生态系统比保护旗舰物种更重要；生态系统结构和完整性的保护比物种数量或者生物量的保护更重要；修复生态系统的功能比修复景观更重要。
生态系统修复的目标，最好是生态系统的结构和功能的修复，但也有以标志性物种重现为目标：如莱茵河生态修复计划明确地把大马哈鱼回到河流作为其标志；英国泰晤士河修复将大马哈鱼、鳟鱼、鳗鱼等作为河流生态修复的重要成效指标；德国众多河流的生态修复也都把河流系统中的各种生物放在十分重要的位置，将水体重建、河流的水文循环恢复、使鱼类和底栖无脊椎动物回到河流以实现河流生态系统完整性作为目标，德国Isar河的生态修复甚至将在河流中安全游泳、洗浴作为修复目标。
水生态系统的修复不仅在于水体和水底，更重要是修复水陆过度带，控制点源和面源污染。水生态系统恢复的三大任务是水质和自然水文过程的改善；水域形态及地貌特征的改善和生物物种的恢复。
修复的方法包括物理（如栖息地）、化学（如水质）、生物和管理等多方面，重建或者调度比较自然的水文和水动力过程、恢复弯曲河道和分汊河道、增加水面生态斑点和生态走廊就是物理方法，而曝气复氧、添加活性炭等属于化学方法，重建岸边植被和水草、生物操作、增殖放流等属于生物方法。
2水生态文明的基本特征水生态文明定义可以分为广义和狭义两种，前者包括人水和谐及水生态系统良好两方面内容，而狭义的定义主要指水生态系统良好一个方面。广义水生态文明的基本特征：1）在社会和个人合理承担一定洪水风险的情况下，保障江河湖海水域的防洪安全，特别强调保障人民生命和财产的安全；2）在考虑节约用水等严格水资源管理条件下，保障人类用水安全，特别强调人畜饮用水安全保障；3）为了人类可持续发展，尽量保障水域生态系统良好，不仅要保障水域水质良好，还要为珍稀和特有水生生物提供基本的栖息地及水环境条件。
